2. Peristiwa Penembakan Misterius 1982-1985
Penembakan misterius atau Petrus yang terjadi sepanjang 1982-1985 mengakibatkan sejumlah besar orang yang dianggap preman ditembak secara misterius hingga meninggal dunia. Operasi ini dilakukan pemerintah Orde Baru untuk menertibkan mereka yang dianggap liar. Namun, sering kali penentuan sasaran itu dilakukan dengan hanya melihat penampilan luar sang target.
3. Peristiwa Talangsari, Lampung 1989
Peristiwa Talangsari menyebabkan 130 orang meninggal dan mengakibatkan terbakarnya 109 rumah hingga berbagai bentuk kekerasan lainnya dari aparat terhadap warga.
4. Peristiwa Rumoh Geudong dan Pos Sattis, Aceh 1989
Peristiwa Rumoh Geudong dan Pos Sattis merupakan peristiwa penyiksaan aparat ABRI terhadap warga Aceh selama masa konflik pada 1989–1998. Peristiwa Rumoh Geudong dan Pos Sattis Lainnya terjadi di masa Aceh dalam status Daerah Operasi Militer (DOM) pada 1989–1998.
5. Peristiwa penghilangan orang secara paksa 1997-1998
Komas HAM mencatat 14 orang yang telah menjadi korban penghilangan orang secara paksa yang sampai dengan sekarang belum dapat diketahui nasibnya. Mereka adalah Yani Afrie, Sony, Herman Hendrawan, Dedi Hamdun, Noval Alkatiri, Ismail, Suyat, Petrus Bima Anugerah, Wiji Thukul, Ucok Munandar Siahaan, Hendra Hambali, Yadin Muhidin, dan Abdun Naser.