Hasil produksi perikanan tangkap pada Tahun 2019 sebesar 167.316.,67 ton dan produksi perikanan tangkap pada Tahun 2020 sebesar 172.520 ton atau terjadi peningkatan sebesar 5.203,33 ton dengan jenis ikan yang ditangkap yaitu cakalang, kakap, kembung, layang, rajungan, tenggiri, teri, tongkol,tuna dan udang. Hasil tangkapan akan terus dioptimalkan melalui penyediaan sarana prasarana tangkap, pengolahan untuk meningkatkan hasil dan nilai produksi, serta pemasaran dengan tetap memperhatikan kelestarian biota laut.
Sejak Tahun 2018 telah dikembangkan budidaya kakap putih dan kerapu di Kawasan Mulut Seribu-Rote Ndao untuk mendukung pengembangan pariwisata di daerah tersebut, melalui penyediaan 3 unit keramba dengan jumlah benih ikan yang ditebar sebanyak 9.000 ekor serta 1 unit rumah jaga dan 1 unit bagan kelong.
Selain di Rote Ndao, budidaya perikanan juga dilaksanakan di Wae Kelambu, Kabupaten Ngada. Pada akhir Tahun 2019 telah ditebar 1 juta ekor benih kerapu di Teluk Labuan Kelambu dalam rangka pengkayaan sumber daya ikan yang nantinya akan dimanfaatkan oleh masyarakat di sekitar teluk tersebut.