Pada tahun 1999 oleh karena peristiwa referendum di Timor-Timur dan berhasil menjadi merdeka menjadi sebuah negara, maka Yance bersama keluarganya memilih kembali ke Kupang.
Di Kupang, Yance bekerja pada Dinas Perikanan Provinsi NTT dan diberikan jabatan sebagai Kasubag Tata Usaha Laboratorium Pemeriksaan Pengujian Mutu Hasil Perikanan (LPPMHP) Kupang.
Lalu setelah Pensiun Tahun 2006, Yance bersama isterinya yang juga pensiunan PNS, mulai merintis Usaha Rumah Makan Tradisional Se’I Babi Bambu Kuning.
Ia mengaku punya pengalaman suka dan duka di awal membuka usaha tersebut. Namun berkat kerja keras dan doa, keduanya berhasil menjalankan bisnis Rumah Makan Bambu Kuning yang kini cukup ramai dan terkenal di Kota Kupang.
Rumah makan tersebut banyak dikunjungi oleh masyarakat dan para pejabat daerah maupun pejabat dari luar daerah NTT.
Di lokasi tersebut, juga Yance Ndaumanu dan keluarganya membangun tempat Persekutuan Doa yang bernama Persekutuan Doa (PD) Bambu Kuning. Pada hari Senin sampai Sabtu Rumah Makan itu dibuka untuk umum dan ditutup pada hari Minggu untuk kegiatan Pelayanan Iman bersama Persekutuan Doa.