8. Peristiwa pembunuhan dukun santet 1998-1999
Peristiwa ini merupakan pembunuhan terhadap ratusan orang yang dianggap berprofesi menjadi dukun santet di Banyuwangi. Peristiwa ini berlangsung pada Februari-September 1998.
9. Peristiwa Simpang KKA, Aceh 1999
Pada 3 Mei 1999, terjadi sebuah konflik di Aceh yang disebut nama Tragedi Simpang KKA (Simpang Kraft) atau yang juga dikenal dengan nama Insiden Dewantara atau Tragedi Krueng Geukueh. Tragedi Simpang KKA yang terjadi di Kecamatan Dewantara, Aceh, tersebut bermula dari kekerasan yang dilakukan oleh aparat TNI.
10. Peristiwa Wasior, Papua 2001-2002
Pada 13 Juni 2001, terduga aparat Korps Brigade Mobil melakukan penyerbuan kepada warga sipil di Desa Wondiboi, Wasior, Manokwari, Papua. Penyerbuan ini dipicu dari terbunuhnya lima anggota Brimob dan satu warga sipil di markas perusahaan PT Vatika Papuana Perkasa oleh terduga Tentara Pembebasan Nasional Papua Barat-Organisasi Papua Merdeka.
11. Peristiwa Wamena, Papua 2003
Tragedi ini telah mengakibatkan jatuhnya korban jiwa sebanyak 33 orang, korban luka 53 orang, bangunan milik masyarakat yang rusak dan terbakarnya sebanyak 530 unit, rusaknya 238 unit kendaraan dan 17 unit gedung milik pemerintah.